Tàu ngầm Type A được chia làm bốn phân lớp:

• Type-A (甲型（伊九型）, Kō-gata, lớp I-9?)
• Type-A Mod.1 (甲型改一（伊十二型）, Kō-gata Kai-1, lớp I-12 ?)
• Type-A Mod.2 (甲型改二（伊十三型）, Kō-gata Kai-2, lớp I-13?)
• Type V21 Type (第5094号艦型, Dai-5094-Gō kan-gata, lớp tàu thứ 5094?). Không được chế tạo.

Type-A (lớp I-9)

Đề án số S35Ja. Thiết kế của chúng được dựa trên Junsen III (lớp I-7). Ba tàu ngầm được chế tạo trong giai đoạn 1938-1942 trong khuôn khổ các Chương trình Maru 3 năm 1937 (chiếc số 35 và 36) và Chương trình Maru 4 năm 1939 (chiếc số 138).

Type A Cải tiến 1 (lớp I-12)

Đề án số S35B. Năm chiếc được lên kế hoạch chế tạo trong Chương trình Maru Tsui năm 1941 (các chiếc số 620 - 621) và Chương trình Kai-Maru 5 năm 1942 (các chiếc số 5091 - 5093). Chúng trang bị động cơ diesel công suất yếu hơn nhằm rút ngắn thời gian đóng tàu. Chỉ có một chiếc I-12 được hoàn tất theo thiết kế ban đầu; I-13 và những chiếc tiếp theo được cải biến sang một lớp tàu mới (lớp I-13), sau khi số lượng tàu lớp I-400 Sen Toku bị cắt giảm.

Type A Cải tiến 2 (lớp I-13)

Đề án số S35C. Bốn chiếc nguyên thuộc Type A Cải tiến 1 (lớp I-12) được cải biến sang một lớp tàu mới (lớp I-13), sau khi số lượng tàu lớp I-400 Sen Toku bị cắt giảm. Chúng có hầm chứa máy bay lớn và những khoang hai bên để vận hành hai thủy phi cơ cường kích Aichi M6A1 Seiran. Những thiết bị trong vai trò soái hạm bị tháo dỡ. Chỉ có hai chiếc kịp hoàn tất và nhập biên chế.

Type V21

Đề án số S48. Ba chiếc được lên kế hoạch chế tạo trong Chương trình Kai-Maru 5 năm 1942 (các chiếc số 5094 - 5096). Tuy nhiên tất cả đều bị hủy bỏ vào cuối năm 1943 khi Hải quân Đế quốc Nhật Bản dự định chuyển trọng tâm sang chế tạo Type E (lớp tàu ngầm) (ja) (戊型潜水艦, Bo-gata sensuikan?) như là tàu ngầm chủ lực cho năm 1945.